三羽のペンギンたちは、いつもけんかばかり。ある日、ハトがやってきて「洪水（こうずい）によって、この地球全体が水にしずむ」という神さまの言葉を伝えます。どの動物も二ひきずつのれるという、ノアの箱舟（はこぶね）へのチケットをもらった二羽のペンギンですが、一羽は乗ることができません。そこで、のこったチビペンギンを、こっそりスーツケースにつめて船に持ちこむことにしました。